1721年，康熙皇帝通过“驱准入藏”，将西藏再次纳入到了中国版图。然而，任何事情的发展都不可能是一帆风顺的。
康熙去世后，西藏又不断出现危机，清朝的接班人都要面对这个挑战，雍正如此，乾隆也是如此，清末同样如此。
雍正继位后，在内政上要解决康熙末年的吏治败坏和财政危机，在军事上又要巩固康熙征服的地区。那么雍正是如何解决西藏危机的呢？
1721年，清军击败准噶尔，占据了西藏，于是采取了一系列的措施加强对西藏的管辖。
在行政上，废除了和硕特汗国，导致罗卜藏丹津复国失败；废除第巴制度，设置三位噶伦（在藏语中的意思为国事、宰相）共同管理西藏政务。
在军事上，在拉萨驻扎了4000军队；在交通上，修建了康定到拉萨的驿道，加强与内地的联系。
康熙末年的三位噶伦分别是阿尔布巴、隆布鼐、札尔鼐，他们原本都是西藏藏族贵族，曾在和硕特汗国担任重职。
清朝和准噶尔争夺西藏期间，他们都起兵抵抗准噶尔，支持清军，为西藏再次纳入中国版图做出了贡献。
1723年，雍正继位，他调整了对西藏的政策。
首先，他认为清军驻扎西藏，物资供应困难，于是将驻扎拉萨的军队撤回，只留下昌都的部分军队，由此削弱了清朝对西藏的控制。
第二个措施，就是在三噶伦基础上又增加两位噶伦，其目的是使其相互牵制，削弱其势力。
然而，雍正的两大措施导致西藏出现了危机。雍正增加的两位噶伦分别是颇罗鼐和札尔奈。
颇罗鼐曾担任拉藏汗的秘书，当准噶尔入侵西藏时，他和阿里总管康济鼐出兵抵抗，但是寡不敌众，被俘虏。被保释出狱后，他又积极联络康济鼐，在阿里起兵，响应清军，的确有很大的功劳。
然而，雍正此举却打破了噶伦之间的力量平衡。五噶伦中，康济鼐与颇罗鼐为后藏人，在政府中起到了主导作用；阿尔布巴、隆布鼐、札尔奈都是前藏人，但是没有掌握关键权力。
而当时的六世达赖之父索南达结义则从中挑拨，前藏和后藏的矛盾尖锐。
1723年五月，青海和硕特领袖罗卜藏丹津发动叛乱，为了防止叛军进入西藏，雍正派遣军队驻扎巴塘、里塘和黄胜关，又让鄂齐、周英等带领2000滇军入藏。
颇罗鼐也派遣藏军配合清军作战，收复了部分地区，立下了功勋。
鄂齐进入西藏后，发现了五噶伦之间存在矛盾，于是向雍正报告了情况。鄂齐在调节了双方的矛盾后，在1725年撤出西藏，返回内地。
1726年，鄂齐再次奉命前往拉萨，宣布让康济鼐总理西藏政务，阿尔布巴协理，并召康济鼐与索南达结入京。
雍正此举引起了前藏贵族的不满，索南达结也拒绝前往北京。雍正当时非常担心西藏贵族叛乱，投降准噶尔，于是根据鄂齐的建议，撤销了隆布鼐、札尔奈二人噶伦之职，使阿尔布巴孤掌难鸣。
同时，派遣内阁大学士僧格和副都统马喇为驻藏大臣，负责调节西藏贵族之间的矛盾。
阿尔布巴和索南达结听到消息，决心先发制人，在六月十八日大昭寺议事的时候杀死了康济鼐，又调动军队进攻颇罗鼐，“卫藏战争”爆发了。
僧格、马喇到达拉萨后，他们又谎称是康济鼐、颇罗鼐反叛了黄教，所以才出兵。僧格、马喇认为事情非常严重，就向雍正报告了情况。
雍正召集大臣商议，大家意见不一。鹰派代表岳钟琪等人主张派遣大军平叛，不然后患无穷；云贵总督鄂尔泰提倡“以抚为上，剿杀次之：羁縻为上，驾驭次之”。
雍正帝也是左右为难，因为他想用军事手段一劳永逸地解决问题，又担心阿尔布巴挟持达赖喇嘛逃往准噶尔。最终，他下令清军准备入藏，再观察情况，等待时机。
很快，卫藏战争发生了转机。阿尔布巴进攻康济鼐，开始取得了胜利，但是颇罗鼐经过休整后绝地反击，使阿尔布巴陷入危机之中。
这时候阿尔布巴和康济鼐都向清朝求援，于是雍正立即下令军队挺进西藏。
1728年，颇罗鼐利用休战之机突袭拉萨，俘虏了阿尔布巴和隆布鼐。
很快，1.5万清军在左都御史查郎阿的带领下也进入了拉萨，肃清了阿尔布巴的余部。
阿尔布巴始终没有反叛清朝，但是他杀害了清朝任命的官员，最终还是以叛逆处死。而颇罗鼐平叛有功，被册封为贝子，随后总理西藏事务。
阿尔布巴之乱平定后，雍正皇帝接受之前的教训，决定永久性地驻扎西藏。
整个西藏驻扎了3000军队，其中前藏1000人，后藏1000人，另外昌都驻扎滇军1000人。
另外，清朝还将藏东的巴塘、理塘等地划给四川，将藏南的中甸、维西等地划入云南。
在内政上，正式在西藏设置驻藏大臣办事衙门，派遣两人分别驻扎前藏和后藏，和颇罗鼐一起管理西藏政务。
在西藏设置驻藏大臣，是中国中央王朝向西藏设置流官的开端，在历史上具有标志性的意义。
